湄洲湾北岸经济开发区于1996年经福建省人民政府批准设立，2002年莆田市行政区划调整时改设秀屿区，2007年3月经国家发改委、国土资源部、建设部等部门核准保留为省级开发区。为加快湄洲湾北岸的开发建设，莆田市委、市政府于2007年4月29日调整北岸开发区管辖区域并重新挂牌，主要任务是以妈祖城开发来推进滨海新城建设，以发展临港产业来促进港城崛起。